Desa Pakisaji merupakan salah satu desa di Kecamatan Kalidawir, Kabupaten Tulungagung. Desa ini terbentuk dari pemekaran wilayah sekitar tahun 1800 M, ketika empat padukuhan yang awalnya bergabung dengan Desa Karangtalun kemudian dipisahkan menjadi satu desa mandiri. Nama Pakisaji berasal dari dua kata, yaitu Pakis—merujuk pada keberadaan banyak pohon pakis yang tumbuh di wilayah tersebut—dan Aji yang bermakna “berharga”. Harapan para pendahulu, desa ini kelak menjadi desa yang bernilai dan membawa kemuliaan bagi masyarakatnya. Penyebutan nama kemudian disederhanakan menjadi Pakisaji, sebagaimana dikenal hingga saat ini.

Desa Pakisaji terdiri dari empat padukuhan dengan latar sejarah masing-masing:

1. Padukuhan Ngejring
   Konon dulunya di wilayah ini banyak tumbuh pohon jring (jengkol). Tumbuhan tersebut kemudian menjadi dasar penamaan padukuhan Ngejring.
2. Padukuhan Jigang
   Di tempat ini pernah berdiri sebuah pohon besar, dan salah satu akarnya berbentuk menyerupai kaki manusia yang sedang duduk jigang (menyilangkan salah satu kaki di kursi). Keunikan pohon tersebut menginspirasi pemberian nama Jigang.
3. Padukuhan Jatirejo
   Nama Jatirejo berasal dari keberadaan tanaman jati yang dahulu tumbuh melimpah di wilayah tersebut. Kata rejo mengandung makna ramai atau makmur.
4. Padukuhan Bocor
   Dahulu ditemukan sebuah mata air yang seolah keluar dari wadah yang bocor, sehingga dikenal sebagai Sumber Song Waru. Dari fenomena alam tersebut, nama Bocor pun digunakan untuk padukuhan ini. Seiring perkembangan, sumber tersebut kini telah dibangun menjadi embung dan saluran irigasi yang bermanfaat bagi lahan persawahan.

Pemekaran menjadi Desa Pakisaji dipelopori oleh seorang tokoh bernama Mbah Amatdardjo, yang mengusulkan pemisahan empat padukuhan tersebut dari Desa Karangtalun. Usulan itu diterima oleh pemerintahan pada masa tersebut dan menetapkan Pakisaji sebagai sebuah desa baru.